在商标侵权案件中，作为被告，您可能需要承担停止侵权行为、赔偿损失等法律责任。根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。若进入诉讼程序，法院将根据具体情况作出相应裁判。
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从法律角度，您应首先收集所有与案件相关的证据，包括但不限于证明您未实施侵权行为的证据、证明您与个体工商户关系独立的证据等。其次，咨询专业律师，了解案件可能涉及的法律问题、风险及应对策略。最后，根据律师建议，准备起诉状或答辩状，并按时向法院提交，确保您的合法权益得到保障。
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若您确认侵权行为存在但与个体工商户无关，应尽快收集证据证明个人行为与个体工商户的独立性。具体操作包括：整理个人与个体工商户的财务、业务往来记录，证明您个人行为未利用个体工商户资源；准备证人证言或书面声明，说明个体工商户对此侵权行为不知情且未参与。同时，积极与原告沟通，表达和解意愿，寻求合理的解决方案。