宅基地盖房如占用部分耕地，需依法处理。根据《土地管理法》和《城乡规划法》的规定，对违法占地建房的行为，可能采取责令退还土地、拆除建筑物、恢复土地原状、罚款等措施，严重者还会追究刑事责任。建议尽快处理以避免更严重的法律后果。
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占用耕地进行宅基地建房应立刻停止，并尽快恢复原状。如果已经建成，建议咨询当地政府或法律专家，根据具体情况选择适当的处理方式，例如补办相关手续、拆除违建或接受相应的处罚等。
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针对宅基地涉及占用耕地的问题，首先确保宅基地权属证明完整齐全。若证明齐全，可以向乡（镇）政府或县级人民政府提交申请，处理土地使用权争议。申请时需提供权属证明和详细的争议情况说明。政府经过调查后会作出处理决定。如对此决定不满或对方不履行，可准备相关起诉材料，如权属证明、政府处理决定等，向人民法院提起诉讼。若无权属证明，应先申请补办相关证明，再按照上述流程操作。在整个过程中，保留沟通记录、确保证据完整是解决问题的关键。